Arndt Borkhardt nació en Mecklenburg en 1963. Estudió medicina en la Magdeburg Medical Academy. Completó su formación en cirugía , medicina interna y pediatría en el campo de la fisiología en el Instituto de Neurobiología e Investigación del Cerebro de Magdeburgo. En 1990, Borkhardt recibió su doctorado con una tesis sobre correlatos electrocorticales del rendimiento de la memoria; en el mismo año, se convirtió en médico asistente en la clínica infantil de la Academia de Medicina de Magdeburg.
En enero de 1991 recibió la beca de investigación genética molecular de la Fundación Stüssgen Schmidt y trabajó en la clínica infantil de la Universidad Justus Liebig de Giessen. A continuación, inició allí su formación especializada en mayo de 1992 como especialista en pediatría , que completó en 1997 y fue nombrado médico superior. Posteriormente fue nombrado médico senior de neonatología y medicina de cuidados intensivos pediátricos en la clínica Giessen . En 1998 fue galardonado con el Adalbert-Czerny, premio por su trabajo en estudios de genética molecular de aberraciones cromosómicas en neoplasias hematológicas en la infancia, Premiado por la Sociedad Alemana de Medicina Infantil y Adolescente (DGKJ).
Borkhardt completó su habilitación en 1999 con un trabajo de genética molecular sobre el desarrollo de la leucemia en niños y recibió la licencia para poder ejercer la actividad docente en pediatría en la Universidad de Giessen. Trabajó allí hasta 2001 como médico senior de hematología y oncología pediátrica y jefe del laboratorio de genética molecular de la clínica.
En 2003 fue designado para la cátedra C3 de Hematología y Oncología Pediátricas, Trasplante de Células Madre en la Universidad Ludwig Maximilians de Múnich. Además, se convirtió en jefe de la planta de hematología-oncología en Von Hauner’s Childrens Hospital, y jefe de formación en el bávara Medical Association.
Entre 2005 y 2006, Borkhardt fue nombrado presidente de las cátedras de pediatría general y hematología y oncología pediátrica en las universidades de Halle (2005), Duisburg-Essen (2006), Jena (2006) y en la Universidad Heinrich Heine de Düsseldorf .
Borkhardt aceptó el último puesto y ha sido Director de la Clínica de Hematología, Oncología e Inmunología Clínica Pediátricas de la Universidad de Düsseldorf desde el 2 de noviembre de 2006. Borkhardt es miembro de la Académica Leopoldina desde 2012. Desde 2016, es Ponente del Centro de Investigaciones Biomédicas (BMFZ), HHU, Düsseldorf, Alemania.
Ha publicado 330 papers en publicaciones científicas: NEJM, Lancet, JCI, Blood, Leukemia, Cancer Discovery, Nature Genetics, Nature, Nature Communications,
“El conocimiento sobre los genes de predisposición al cáncer tiene implicaciones directas en las decisiones clínicas, en terapias personalizadas y, lo más importante, conseguir curar al paciente. Estoy convencido de que el mapa genómico debe ser tenido en cuenta en futuros ensayos clínicos.”